По словам местного бурятского населения, в пещере ранее находили человеческие кости, частью обожженные Повидимому, пещера использовалась и для захоронения

По всей вероятности Байдинские пещеры служили временным жилищем и преимущественно в зимнее время. Зимой в них бывает теплее, чем на поверхности земли. Летом в пещерах сыро и холодно. В конце июня 1923 г. во время обследования Большой Байдинской пещеры внутри ее была отмечена температура 6° по Цельсию при температуре на поверхности около входа в пещеру 28°.

План и разрез Большой Байдинской пещеры (зарисовка П. П. Хороших).

Со стен пещеры в это время звучно капала вода, а в отдаленных от входа местах был лед. Судя по находкам, обитателями Байдинских пещер были курыканы.

Фрагменты глиняной посуды, найденные в Байдинских пещерах.