В пещере обнаружены кости различных животных. Академик В. А. Обручев указывает, что фауна Балаганской пещеры оказалась новейшей и интересна тем, что в составе ее найдены медведь, благородный олень, косуля, доказывающие прежний лесной характер этой степной местности,

Вертикальные сечения ходов Балаганской пещеры

Балаганская пещера является ценнейшим памятником природы для науки. Проф. Н. А. Гвоздецкий находит, что Балаганская пещера по своей красоте не только не уступает, но и местами даже превосходит знаменитую Кунгурскую пещеру. По своей величине и большому научному интересу Балаганская пещера заслуживает того, чтобы быть признанной заповедным объектом.

Ледяные образования имеются также в соседней, сравнительно небольшой пещере, вход в которую находится рядом с главным входом в Балаганскую пещеру, а той же пади. Эта пещера представляет тип холодной мешкообразной полости, опускающейся, хотя я довольно полого, от входа вглубь.